园始建于1709年（康熙四十八年），最初是康熙帝给皇四子胤禛的赐园。1722年雍正即位以后，拓展原赐园，并在园南增建了正大光明殿和勤政殿以及内阁、六部、军机处诸多值房，欲以夏季在此“避喧听政”。乾隆帝在位期间除对圆明园进行局部增建、改建之外，还在紧东邻新建了长春园，在东南邻并入了万春园。圆明三园的格局基本形成。嘉庆朝，主要对绮春园（万春园）进行修缮和拓建，使之成为主要园居场所之一。道光帝时，国事日衰，财力不足，但宁撤万寿、香山、玉泉“三山”的陈设，罢热河避暑与木兰狩猎，仍不放弃圆明三园的改建和装饰。1860年10月6日英法联军洗劫圆明园，抢掠文物，焚烧，同治帝时欲修复，后因财政困难，被迫停止，改建其他建筑。八国联军之后，又遭到匪盗的打击，终变成一片废墟。

        园在清室150余年的创建和经营下，曾以其宏大的地域规模、杰出的营造技艺、精美的建筑景群、丰富的文化收藏和博大精深的民族文化内涵而享誉于世，被誉为“一切造园艺术的典范”，被法国作家维克多·雨果称誉为“理想与艺术的典范”。
1949年，中华人民共和国成立后，中国政府十分重视圆明园遗址的保护，先后将其列为公园用地和重点文物保护单位，征收了园内旱地、进行了大规模植树绿化。在“文化大革命”中，遗址虽然遭到过一些破坏，但它毕竟被保住了：整个圆明园的水系山形和万园之园的园林格局依然存在，近半数的土地成为绿化地带。十几万株树木蔚然成林，多数建筑基址尚可找到，数十处假山叠石仍然可见，西洋楼遗址的石雕残迹颇引人注目。